Kościół wybudowany został na planie krzyża franciszkańskiego według projektu Stanisława Niemczyka, zwany jest Małym Asyżem. Cały kompleks, charakterem nawiązuje architektury średniowiecznej a zwłaszcza do bazyliki św. Franciszka w Asyżu. Budowany jest z betonu oraz jasnego dolomitu.
W maju 1999, metropolita ks. arcybiskup Damian Zimoń wyraził zgodę na budowę kościoła, na działce podarowanej przez Grzegorza Czardybona. 15 czerwca 1999 kamień węgielny poświęcił papież Jan Paweł II . Budowę kościoła wraz z klasztorem rozpoczęto w maju 2000. Projekt wykonał Stanisław Niemczyk.
18 sierpnia 2002, podczas wizyty na krakowskich Błoniach, papież Jan Paweł II poświęcił kamień węgielny kaplicy Miłosierdzia Bożego. Do kaplicy tej, wprowadzono relikwie św. Ojca Pio i relikwie św. Klary z Asyżu.
Budowla świątyni składa się kościoła górnego i dolnego. W górnym kościele znajduje się kaplica Matki Boskiej Bolesnej. Sufit kościoła górnego wyłożony jest drewnem. Obecny, drewniany ołtarz nawiązuje do panoramy z Asyżu. Naprzeciw ołtarza, przewidziano miejsce na wolno stojącą chrzcielnicę, dokładnie pod nią znajduje się kopia grobu św. Franciszka. Bezpośrednio nad ołtarzem znajduje się, dodatkowa ośmioboczna wieżyczka.
W dolnej części znajdują się dwie kaplice, kopie kaplic w Asyżu: Porcjunkuli oraz kaplica grobu św. Franciszka. Na tyłach kaplicy św. Franciszka znajdują się: krypta (z sakramentem pokuty) oraz kaplica Boskiego Miłosierdzia. Strop dolnego kościoła o kształcie krzyża ma powierzchnię 100 m².
Na zewnątrz, nad wejściem do kościoła znajduje się, wyrzeźbiona przez o. Wawrzyńca, kopia krzyża z San Damiano. Na wzór krypty w bazylice w Asyżu, wykuta została okrągła krypta o promieniu 8 metrów.
Teren przeznaczony pod budowę kościoła miał kształt zbliżony do trójkąta. W rozwidleniu dróg, które go obejmowały, znajdowała się figura Matki Bożej z Dzieciątkiem, ufundowana w 1893 roku przez Józefa Czardybona z żoną. Kościół i klasztor, które miały na tym terenie powstać, zgodnie z zamysłem autora, miały być inspirowane miejscami związanymi z życiem św. Franciszka z Asyżu. Zastosowanie dolomitu ma nawiązywać do architektury Umbri, beton barwiony na brązowo nawiązuje do umbri – koloru ziemi umbryjskiej. Zacheuszki wykonane są z różowego dolomitu sprowadzonego w tym celu z Asyżu. W budynki wkomponowane są kopie dwóch ważnych w życiu św. Franciszka obiektów – kaplicy Porcjunkuli w bazylice Najświętszej Marii Panny od Aniołów w Asyżu (odtworzono wymiary oraz układ kamieni, bez polichromii) oraz grobu św. Franciszka z bazyliki św. Franciszka w Asyżu (w nieco mniejszych rozmiarach niż oryginał). Kaplica Porcjunkuli zaprojektowana została na osi założenia, biorącej swój początek w miejscu figury z 1893 roku. W ogrodzeniu oś ta jest zaakcentowana otworem w kształcie krzyża. Kaplica Porcjunkuli wybudowana jako pierwsza w 2000 roku stała się symbolicznym kamieniem węgielnym całego obiektu.
Od 1999 r., w czasie świąt Bożego Narodzenia, ojcowie franciszkanie organizują żywą szopkę.